宏基因组测序
宏基因组测序是指对样品中所有微生物基因组DNA片段化后进行高通量测序，进行序列组装和基因注释，获得部分不可纯培养微生物的基因组序列，分析该环境下所有微生物基因集信息。
细菌基因组测序
新一代高通量测序技术大大减少了基因组测序的成本和时间，让更多实验室可以开展微生物基因组测序项目。根据不同的研究目的和测序要求，细菌基因组测序可分为四种类型：细菌基因组Scanning、细菌基因组
non-coding RNA测序
贝瑞和康用新一代测序方法进行non-coding RNA分析的优势：1）不依赖参考基因组； 2）更加全面的发现新的非编码RNA；3）能够知道链的方向性。
原位杂交
利用放射性或非放射性标记的已知核酸探针，通过放射自显影或非放射检测系统在组织、细胞及染色体上检测特异DNA或RNA序列的一种技术，是一种直接、简便的研究基因定位和表达的方法。即：将标记的核酸探针与细胞或组织中的核酸进行杂交，称为原位杂交，分为DNA-DNA、DNA-R
表达谱测序
基因转录水平的研究是功能基因组学和医学研究的基础。数字基因表达谱利用新一代高通量测序技术和高性能计算分析技术，通过全面、经济、快速地检测某一物种特定组织在特定状态下的基因表达情况。
微生物多样性检测（Microbial diversity）
环境微生物多样性检测，是以样品中的微生物群落作为整体进行研究，通过对核糖体RNA高变区域（比如16S/18S/ITS等序列）或功能基因（如古菌的氨氧化基因等）进行PCR扩增和测序，然后分析相应环境下微生物群落的多样性和分布规律。